Nhưng qua bao năm tháng đất nước điêu linh, chiến tranh loạn lạc, người Pháp phá chùa huỷ đình để lập đồn lập bót, chùa làng nhỏ bé đơn sơ có tên Linh Sơn phải di dời nhiều lần cho đến khi được tái tạo trên một ngọn đồi cao thoai thoải có hình dạng như mai rùa nổi lên giữa tứ bề là ruộng đồng mênh mông yên ắng. Các bản sắc phong quý giá này đã được nhà chùa bàn giao cho cơ quan Bảo tồn Văn hoá tiếp nhận quản lý, rồi được giao lại cho bên Đình gìn giữ nghiêm mật trong tủ két, chỉ được mang ra khi làng có tổ chức lễ lạt hội hè...
Có thời gian rất dài chùa không có vị trụ trì mà chỉ có ban hộ tự, thủ tự do làng cắt cử trông nom hương đăng nên ngày càng tiêu điều dột nát...
Từ năm 2007, thầy Thích Đức Hiền được Hoà thượng Thiện Danh (Trưởng BTS GHPGVN Huyện Diên Khánh) điều về làm giám tự, tịnh tu và hoằng pháp. Thầy đã đặt thêm vào tên "Linh Sơn" hai chữ "Pháp Tạng" (nghĩa là Kho Giáo Pháp, vì giáo pháp của đức Phật hàm chứa nhiều nghĩa).
Ngoài ra, Đức Phật A Di Đà khi chưa thành Phật là một vị Tỳ kheo, tên là Pháp Tạng. Tỳ kheo Pháp Tạng phát ra 48 lời nguyện, mỗi nguyện thệ cứu độ hết tất cả chúng sanh giúp cho hết thảy chúng sanh đều thành Phật.
Vì vậy, nhiều Phật tử khi nghe tên "Linh Sơn Pháp Tạng" thì liền nghĩ ngôi chùa ở xã Diên Lộc cũ này thuộc Tổ đình Linh Sơn Pháp Bảo (Nha Trang), Linh Sơn Pháp Ấn (Cam Lâm) do cố HT. Thích Như Ý khai sơn lập tự. Té ra là không phải!
Chuyện đặt thêm hai chữ "Pháp Tạng" vào tên chùa hồi đó cũng có gặp trở ngại, nhiều vị giáo phẩm không đồng thuận vì muốn giữ nguyên 2 chữ "Linh Sơn", nhưng do đông đảo bà con trong vùng và Phật tử gần xa lại thích chùa được mang tên đó, tên của vị Tỳ kheo Pháp Tạng sau này thành Phật A Di Đà, nên sau cùng cũng được... duyệt!
Thầy trụ trì chùa Linh Sơn Pháp Tạng vốn là người ở miền Cần Thơ gạo trắng nước trong, khi nhỏ quy y Tam Bảo, thọ Ngũ giới với Hoà thượng Thích Bửu Lai ở Đồng Tháp. Sau này, Thầy xuất gia thọ giới nơi Đại lão Hoà thượng Thích Trí Tịnh (huý Nhựt Bình), dòng pháp Lâm Tế Gia Phổ đời thứ 41. Khi du cước ra miền Trung, Thầy xin thọ pháp y chỉ với Hoà thượng Thiện Danh ở Diên Khánh, rồi từ đó về xã Diên Lộc để trông coi chùa làng, qua từng năm tháng tu bổ và kiến thiết nên ngôi Tam Bảo trang nghiêm rộng lớn với nhiều tiểu cảnh quanh khuôn viên như vườn Lộc Uyền, hồ sen súng, điện Quán Thế Âm, đến nay đã 17 năm, được Giáo Hội chính thức bổ nhiệm trụ trì vào năm 2023.
Thầy trụ trì kể cho nghe, vào thời điểm ngôi chùa làng xuống cấp hư hoại, ngôi chánh điện thì chật hẹp trong khi bà con phật-tử ngày càng về chùa tụng kinh nghe pháp đông vui, có một vị thí chủ ngành Dược đã phát tâm cúng dường để Thầy xây dựng chùa lớn khang trang với số tịnh tài lên đến 50.000 Mỹ kim. Nhưng lúc đó, Thầy đã không nhận tiền, Thầy chỉ nhận chùa khi nào vị thí chủ tự lo hoàn tất thi công xây dựng. Thầy không muốn tay mình chạm dính đến tiền bạc. Chính hạnh này của Thầy mà vị thí chủ đã thêm tôn kính và tin tưởng ở vị trụ trì chân tu, nên đã lo toan tiến hành xây chùa từ A đến Z, đến khi hoàn mãn thì giao đến Thầy ký nhận ngôi chùa mới và đẹp với lối kiến trúc khác biệt so với những ngôi chùa ở miền Trung.
Chùa toạ lạc trên diện tích 6.000m2, tu theo pháp môn Tịnh Độ, trước kia thuộc xã Diên Lộc, đến năm 2020 xã này và xã Diên Bình cận kề sáp nhập thành xã mới mang tên Bình Lộc, là nơi để quay về nương tựa tinh thần của bà con nông dân chất phác quanh vùng. Vào ngày Rằm và mồng Một hằng tháng, chùa có tổ chức phát cơm chay miễn phí đều đặn mỗi lần 500 hộp để khuyến khích mọi người ăn chay gieo mầm thiện lành, giảm bớt sát sanh tạo ác nghiệp. Hướng tới, ngoài những khoá lễ khoá tu dành cho phật-tử bổn đạo, chùa sẽ tổ chức những khoá tu dành cho sinh viên sẽ do một vị đệ tử của Thầy trụ trì đảm trách.
Thầy trụ trì có một vị đệ tử xuất chúng, Đại đức Thích Tịnh Viên, được Thầy giáo dưỡng nên huệ mạng, cho đi du học ở Đài Loan-Ấn Độ trong 9 năm trở về với học vị Tiến sĩ và Thạc sĩ (2 bằng), hiện đang là giáo thọ-giảng viên Trường Trung Cấp Phật Học Khánh Hoà.
