Chữ Long 隆 trong tên chùa không phải là Rồng 龍, mà là tính từ mang nghĩa hưng thịnh, hưng khởi (như hưng long, long thịnh...).
Trải qua hơn 2 thế kỷ thăng trầm giữa chiến tranh loạn lạc để tồn tại đến hôm nay, chùa đã được nhiều bậc tôn sư đạo hạnh đến trụ trì, giám tự để hoằng pháp lợi sanh, truyền bá Phật học.
Theo tư liệu của chùa, cũng như dựa vào linh vị Tổ sư đang thờ tại di tích, cho ta biết được ngôi chùa này có niên đại vào những năm đầu của thế kỷ XIX, trải qua các đời trụ trì:
- Tổ khai sơn Hòa thượng Huệ Pháp-Ấn Hải (- 1801)
- Thiền sư Hải Nam-Gia Thọ
- Ngài Chơn Sư Phổ Xứ (1905), là người có công lớn trong việc phát dương ngôi chùa Kim Long từ Tổ khai sơn để lại.
- Ngài Thanh Chánh-Phước Tường (1905-1922)
- Ngài Trừng Thông-Nhân Duệ ( 1923-1940)
- Ngài Thị Lạc-Hưng Từ (1940-1945)
- Ngài Quảng Quý-Chánh Vinh (1945-1958)
- Ngài Như Hương (1958-1961)
- Ngài Pháp Thân (1967-1968)
- Ngài Thiện Công (1969-1972)
- Ngài Bảo Hiển (1973-1974)
- Ngài Thiện Công (1975-1987)
Từ năm 1940-1945 là thời kỳ chùa Kim Long hưng thịnh, dưới thời trụ trì của Hoà thượng Thích Hưng Từ, pháp danh Thị Lạc, thuộc đời 42 dòng Lâm Tế Chúc Thánh. Ngài đã mở nhiều khoá học Phật cho người xuất gia cũng như tại gia. Năm 1942, Ngài khai mở Đại giới đàn tại chùa Kim Long do Đại lão Hoà thượng Thích Phước Huệ (chùa Hải Đức-Nha Trang) làm Đàn đầu Hoà thượng. Trong dịp này, Tăng già Phật giáo Tuy An-Phú Yên chúc mừng bức hoành phi bằng gỗ chạm bốn chữ “Thành Tựu Uy Nghi” hiện còn lưu tại chùa.
Chùa Kim Long xuất hiện với cõi đời, với vùng quê mộc mạc quạnhn hiu qua một thời gian dài đã khẳng định được vai trò cao quý của một nơi tu hành lợi tha. Chùa và làng gắn bó mật thiết như một nhà. Nhà chùa cùng những bậc tiên hiền hào lão tín tâm đã định hướng cho bao người dân thôn dã cần cù chất phác sống hướng thiện, tu tâm dưỡng tánh theo giáo lý nhà Phật. Cũng vì vậy mà vào năm thứ 20 (1868) được vua Tự Đức ban tặng cho dân làng tấm biển đề 4 chữ “Thiện tục khả phong” (Phong tục tốt đáng lưu truyền), được lưu giữ treo trang trọng ở gian Chánh điện của chùa đến hôm nay vẫn còn nguyên vẹn.
Qua 12 đời trụ trì, chùa có được tu bổ, sửa chữa được 2 lần vào năm 1938 và 1974.
Giai đoạn từ năm 1987 đến năm 1998, gần 10 năm, là thời gian u ám tưởng chừng như chốn già lam này sẽ bị xoá nhoà biến mất khi rơi vào tình trạng gần như hoang lạnh vì không có vị trụ trì về đây. Làng phải thuê người làm thủ tự để đốt đèn thắp hương hằng ngày trên điện, còn đất đai vườn tược chung quanh hầu như bỏ phế không bàn tay người chăm sóc. Đất chùa vốn rộng thênh thang đã bị lấn chiếm vô tội vạ, thu hẹp dần dần...
Năm 1998, Ni sư Thích Nữ Minh Nhẫn được bổ nhiệm về đây, rồi cuộc đại trùng tu để phụng sự Tam Bảo, đền ơn chư Tổ chư Thầy và chư tiền nhân tiền hiền đã được bắt đầu vào năm 2003.
Đến hôm nay, trải qua 21 năm kế thế truyền đăng tục diệm, vị trụ trì đời thứ 13 đã giốc hết tâm sức cùng đại chúng, cùng đông đảo Phật tử thiện tín nhiệt thành với sự ủng hộ và trợ duyên của chư tôn đức Tăng Ni đã hoàn thành tâm nguyện khôi phục đạo tràng, kiến thiết ngôi Tam Bảo uy nghiêm tú lệ trên vùng đất Phú Hoà, Ninh Quang, được xếp hạng Di tích Lịch sử cấm xâm phạm.
Chùa Kim Long được xây dựng trong khuôn viên có tổng diện tích gần 4.200m2, mặt tiền quay về hướng Tây từ khi chuyển dời cổng tam quan từ sau ra trước, đối diện với một hồ nước rộng lớn. Hồ nước này đang được chính quyền triển khai dự án san lấp để kiến tạo thành một công viên cây xanh.
Từ ngoài vào trong, chùa có bố cục và kiến trúc như nhiều ngôi chùa khác ở Khánh Hoà: Cổng tam quan, Điện Quán Thế Âm, Vườn Lâm-tỳ- ni, Chánh điện, Tổ đường, Đông lang, Tây lang, Nhà Địa Tạng và Tiêu Diện Đại Sỹ, hậu liêu, tiểu đình, Đoàn quán GĐPT, tường bao, văn bia di tích, nhà bếp, nhà vệ sinh...
Quanh sân trước vườn sau là những chậu hoa kiểng đủ loại khoe sắc, những cây mít cây xoài sum suê cành lá khoe trái quả ngọt thơm, các cây dương liễu và Osaka- Hoàng hậu vàng thì đua nhau rũ nhánh buông cành khai hoa tươi sáng...
Bên trên ngôi Chánh điện phối trí ba gian: chính giữa thờ Đức Phật Thích Ca, bên phải thờ Bồ tát Quán Thế Âm, bên trái thờ Bồ tát Địa Tạng. Ngoài ra, còn thiết trí trên gian giữa bộ tượng Tây Phương Tam Thánh, tôn tượng nhị vị đại đệ tử của Đức Bổn Sư Thích Ca là Tôn giả Ca Diếp và Tôn giả A-nan, cùng tượng đức Phật Đản Sanh bằng đất nung xưa còn lưu giữ lại và đã được tân trang lớp sơn mới.
Nhà chùa cũng còn lưu giữ được quả chuông cổ được đúc năm 1903, các pho tượng Quan Thánh Đế Quân, Quan Bình, Châu Xương, Tổ sư… bằng đất nung, các bức hoành phi quý hiếm, cũng như một số cột kèo của chùa cũ được tận dụng để kiến thiết Tổ đường, tiểu đình... Khi Ni sư Minh Nhẫn về nhận trụ trì chùa thì những pháp cụ pháp khí cổ xưa bằng đồng đã bị "thất lạc", trôi dạt theo dòng đời không còn thấy trên nội điện nữa.
Chùa Kim Long luôn là chốn tịnh tu, gìn giữ trang nghiêm đạo hạnh, thường xuyên tổ chức những khóa tu học cho các đạo tràng, thành lập Gia đình Phật tử Kim Long vào năm 1999. Ngoài những ngày sóc vọng (rằm và mồng Một âm lịch), vào các ngày lễ trọng hằng năm như: Đại lễ Phật đản, lễ Vu lan tháng Bảy, các ngày vía chư Phật và Bồ tát, chùa đều tổ chức trang nghiêm trọng thể, có lễ kéo dài đến 4 ngày liên tục, để những người con Phật được phước duyên tề tựu tụng kinh, bái sám hướng về ngày mai an vui lợi lạc.